11 августа 1901 г. была открыта Уфимская глазная лечебница Уфимского отделения Попечительства императрицы Марии Александровны о слепых, положившая начало становлению офтальмологической службы в регионе. Первым директором лечебницы стал Бельский Арсений Александрович (1901-1903 гг.).
История лечебницы берет свое начало во второй половине XIX века.
В 1881 г. в Российской империи для социальной защиты слепых было создано благотворительное учреждение - Попечительство Императрицы Марии Александровны о слепых, а через 5 лет в 1886 г. – Уфимское его отделение, ставшее четвертым по старшинству своего возникновения среди всех отделений Попечительства о слепых, количество которых достигло 29 за время его существования. Являясь филиалом Попечительства о слепых, Уфимское отделение претворяло в жизнь основополагающие задачи, поставленные перед этим благотворительным учреждением: попечение инвалидов по зрению, их обучение наукам и ремеслам, в последующем позволившим бы им самостоятельно зарабатывать своим трудом. С этой целью в 1888 г. Уфимское отделение Попечительства о слепых открыло Уфимское ремесленное убежище для взрослых слепых, где ремеслам обучались слепые в возрасте 15-26 лет. В 1891 г. убежище было реорганизовано в Училище для малолетних слепцов, преследовавшим цель проведения общеобразовательных курсов для детей 7-11 лет с последующим переходом их в ремесленные классы. В конце 1895 г. училище было закрыто с целью реорганизации его в первую бесплатную Уфимскую глазную лечебницу.
В 1926 г. в связи с массовым заболеванием трахомой населения Башкирии на базе 50-коечной Уфимской глазной лечебницы был создан Башкирский трахоматозный научно-исследовательский институт.
Открытие на базе института в 1936 г. кафедры глазных болезней Башкирского государственного медицинского института расширило возможности проведения научных исследований по изучению распространенности и клиники трахомы, осуществлению мер борьбы с ней. Первым заведующим кафедрой был Владимир Иосифович Спасский (1936-1955 гг.).
В 1965 г. Башкирский трахоматозный НИИ глазных болезней был передан в ведение Минздрава РСФСР и реорганизован в Уфимский НИИ глазных болезней. Основные научные направления этого периода - изучение влияния продуктов нефтехимии на орган зрения. Были раскрыты механизмы поражения глаз некоторыми продуктами нефти, разработаны рекомендации по выявлению, лечению и профилактике функциональных изменений глаз у работников нефтехимической промышленности (К.Р. Беленький, А.Х. Гиниатуллина). Одновременно исследовали проблемы вирусных заболеваний глаз, профилактики и лечения глазного травматизма, организационные вопросы улучшения офтальмологической службы в республике.
В 80-е годы институт становится межобластным центром микрохирургии и лазерных методов лечения (дир. – проф. М.Т. Азнабаев). Наряду с подготовкой кадров по микрохирургии и лазеротерапии, созданы новые лаборатории, приобретены современные операционные микроскопы, криоэкстракторы, факоэмульсификаторы, биометры, кератометры, фундус-камера, лазерные установки, станки по производству контактных линз и искусственных хрусталиков и др.
Научным профилем института в то время являлись разработка проблем детской офтальмологии, комплексного лечения и медико-социальной реабилитации больных с поражением органа зрения и др. Коллектив института пополнился молодыми кадрами.
В настоящее время НИИ Глазных болезней ведет активную работу по направлениям: офтальмологическая и медицинская эпидемиология, разработка системы комплексного лечения патологии роговицы и аномалий рефракции; совершенствование методов малоинвазивной ультразвуковой и фемтолазерной хирургии возрастной и осложненной катаракт; разработка хирургических, лазерных и фармакологических методов реабилитации пациентов с заболеваниями сетчатки и стекловидного тела; патогенетически направленные технологии в хирургии глаукомы, методы профилактики; разработка изделий медицинского назначения.