В 2005 году избран академиком РАЕН. Профессор С. В. Чуйкин успешо работал в области науки, образования и здравоохранения членом научно-экспертного совета при Председателе Совета Федерации ВС РФ (2008—2012), а также членом Совета при Президенте Республики Башкортостан (2011—2015). В 2011 ему присвоено почётное звание — основатель научной школы — «Реабилитация детей с врожденной патологией челюстно-лицевой области», в 2015 году — он стал первым в России Лауреатом престижной международной гуманитарной Премии ICPF (Всемирного Фонда Расщелина Губы и Нёба), в 2020 — избран Действительным членом Европейской ассоциации черепно-челюстно-лицевых хирургов. Работает в БГМУ с 1979 года, после окончания аспирантуры и защиты диссертации с 1983 г. работал на кафедре хирургической стоматологии. С 1991 года по настоящее время работает заведующим кафедры стоматологии детского возраста и ортодонтии. С 1995 по 2018 годы работал — деканом стоматологического факультета ФГБОУ ВО Башкирского государственного медицинского университета МЗ РФ.В 1992 году впервые в России организовал и возглавил Ассоциацию детских стоматологов. В 1996 году избран президентом ассоциации стоматологов Республики Башкортостан, а в 2003 — Президентом Ассоциации стоматологического образования. Избран членом Совета Стоматологической ассоциации России.

Научная деятельность

Его научная деятельность посвящена разработке новых методов лечения воспалительных заболеваний в стоматологии и челюстно-лицевой хирургии, а также — новообразований и врождённых пороков развития челюстно-лицевой области. Чуйкин — как установил «патогенетические механизмы влияния гнойно-воспалительных процессов челюстно-лицевой локализации на центральную нервную систему», так и разработал методы медикаментозной защиты от них головного мозга. Он разработал новые эффективные хирургические методы лечения, до и после операционной реабилитации, концепцию гисто-гематических барьеров в патогенезе и лечении при стоматологических заболеваниях. Открыл новые механизмы патогенеза, разработал методы прогнозирования, реабилитации и профилактики врожденных пороков развития челюстно-лицевой области у детей. Часть научных и диссертационных работ проведена им в области терапевтической, ортопедической стоматологии и ортодонтии. Он член: Редакционных Советов 5 научных журналов, входящих а перечегь ВАК и Скопус, заместитель председателя Докторского Диссертационного Совета при ФБГОУ ВО БГМУ МЗ РФ. Является автором свыше 1300 научных работ; более 50 монографий, 35 изобретений, трёх Российских учебников — Национальных Руководств по стоматологии и челюстно-лицевой хирургии.

Индекс Хирша — 30. Под его научным руководством защищено более 20 диссертаций, в том числе 4 докторские.

Научные труды:

Чуйкин С. В., Топольницкий О. З. «Лечение врождённой расщелины губы и нёба». Монография. — М.: Московский издательский дом, 2017. — 584 c. ISBN 5-85167-025-8.

Чуйкин С. В. и соавт. Клинические методы диагностики. - «Детская терапевтическая стоматология». Национальное руководство. — М.: «ГЭОТАР-Медиа», 2017. - с. 211—231.

Чуйкин С. В. и соавт., Профилактика стоматологических заболеваний. — Монография. — Saarbrucken, Германия. — 2016. — 691 с.

Чуйкин С. В., Персин Л. С., Давлетшин Н. А. Врожденная расщелина верхней губы и нёба. Монография. — М.: Медицинское информационное агентство, 2008. — 363 с.

Награды и звания

Заслуженный врач Республики Башкортостан (1998).

Член-корреспондент Российской Академии Естественных Наук (1999).

Медаль «Отличник Стоматологии» I степени Стоматологической Ассоциации России (1999).

Орден «За заслуги перед Стоматологией» I степени (СТАР, 2002).

Академик РАЕН (2005).

Почетная медаль Академии имени Нобелевского Лауреата Мечникова «За практический вклад в укрепление здоровья нации» (2006).

Заслуженный врач Российской Федерации (2008).

Медаль А. Нобеля за заслуги в изобретательстве (2012).

Международная гуманитарная Премия ICPF (Всемирного Фонда «Расщелина губы и неба») (2015) — за научный вклад в профилактику и лечение детей с врожденной расщелиной губы и неба.

Действительный член Европейской Ассоциации черепно-челюстно-лицевых хирургов (2020).